De aanwijzingen die men heeft gevonden hebben te maken met veranderingen in de microbiële flora en de manier waarop de cellen in de darm op elkaar aansluiten. De zogenaamde ‘Tight Junctions’ zorgen dat de cellen goed aan elkaar vastzitten, zodat er normaal gesproken niets vanuit de darminhoud zomaar kan doordringen in het onderliggende weefsel van de darm. Voedingsstoffen die uit de voeding komen, kunnen alleen via een speciale weg opgenomen worden door de cellen. Men heeft kunnen vaststellen dat bij een deel van de patiënten sommige cellen van de darmwand niet goed aaneensluiten. Dit fenomeen wordt door artsen omschreven als een ‘lekkende darm’. Door het ‘lekken van de darm’ kunnen deeltjes van de darminhoud doorsijpelen in het onderliggende weefsel van de darmwand. Hierdoor kan een ontsteking ontstaan, en daardoor pijn.

Andere aanwijzingen hebben te maken met de darmflora. Op alle oppervlakken van je lichaam die in contact komen met de buitenwereld, zo ook de binnenkant van je darm, leven bacteriën. Ze zijn belangrijk voor de bescherming tegen schadelijke bacteriën. Daarnaast helpen ze met de vertering van de voeding en het maken van bepaalde vitamines, zoals vitamine K. Deze flora bouw je op vanaf de geboorte. Er wordt veel onderzoek gedaan naar de samenstelling van de darmflora, maar nog niet alles is bekend. De samenstelling is uniek per persoon, maar is wel voor gezonde mensen in grote lijnen hetzelfde.

Bij mensen met PDS-D heeft men ontdekt dat de samenstelling afwijkt van de darmflora van gezonde mensen. Eén van de veranderingen is dat de bifidobacteriën verminderd zijn. Deze groep bacteriën verbruikt normaal gesproken gas dat wordt geproduceerd in de darm door andere bacteriën. De groep bacteriën dat juist gas produceert, is toegenomen. Deze veranderingen kunnen het opgeblazen gevoel en de winderigheid verklaren.